卫所制度是明、清两代的军事及经济制度。明太祖朱元璋仿隋唐府兵制创立，洪武十七年（1384）于全国军事要地设卫所 ，每卫5600人，下辖5个千户所（每所1120人）、10个百户所（每所112人） ，隶属五军都督府与兵部。军士编入世袭军籍，实行屯田自养，边地七分屯种、三分守城 。
明代卫所兵源以垛集军为主，辅以归附、谪发 。军士须携家属戍守，屯田缴纳定额军粮。至宣德年间，官豪侵占屯田致军士逃亡加剧 。嘉靖年间卫所逃军比例达70%-80% ，朝廷改行募兵制 。
清代裁撤卫所军事职能，官员改世袭为任命，专司屯田赋税与民政管理 。
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