RNA印迹杂交是一种检测并定量mRNA大小及组织表达水平的标准方法，由James Alwine、David Kemp和George Stark于1977年发明 。其原理为在变性条件下对RNA样品进行琼脂糖凝胶电泳，再通过毛细管转移将RNA转印至硝酸纤维素膜，最后用特异性探针进行杂交检测。该方法命名源于其原理与DNA印迹杂交（Southern blot）的相似性 。
RNA印迹杂交技术流程包括RNA变性电泳、转膜及探针杂交等步骤，常规检测时需使用10-20μg总RNA或0.5-1μg poly(A)+RNA进行电泳，检测低丰度mRNA时poly(A)+RNA用量可增至0.5-3μg 。该方法可直接反映RNA完整性、剪接变异及mRNA大小信息，并支持在同一膜上比较不同样品的表达丰度 。其灵敏度可检测低至5pg的RNA量，在测定微小基因表达量变化时优于微阵列芯片技术 。
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