微囊藻（Microcystis）是一类广泛分布于淡水生态系统中的蓝藻（蓝细菌）属，属于蓝藻门、色球藻目。它们通常以肉眼可见的群体形式存在，由数十至数千个细胞包裹在共同的胶质鞘中，群体形态多样，常呈球形、不规则团块或网状，在富营养化水体中极易大量繁殖。微囊藻细胞呈球形或椭圆形，直径通常在3～7微米之间，细胞内含有叶绿素a和藻胆蛋白，因此呈现蓝绿色或墨绿色。
微囊藻对环境适应能力极强，最适宜的生长水温在25～35℃，且偏好氮、磷等营养物质丰富的水体。当夏季高温、光照充足且水体流动性较小时，微囊藻会快速增殖形成“水华”，在水面形成厚厚的蓝绿色浮膜，严重影响水体外观和生态平衡。水华形成过程中，微囊藻群体通过调节浮力上下迁移，以获取最佳光照和营养条件，这种动态浮力调节机制是其暴发成灾的重要生态策略。
微囊藻最受关注的特征之一是产毒能力。许多种类，如铜绿微囊藻（Microcystis aeruginosa）和绿色微囊藻（M. viridis），能够产生一类被称为微囊藻毒素（microcystins）的环状七肽肝毒素。这类毒素化学性质稳定，耐热且不易被常规水处理工艺完全去除，可通过饮用水或食物链富集进入人体和动物体内，损伤肝脏，并具有促癌风险。世界卫生组织将饮用水中微囊藻毒素LR型的指导值设定为1微克/升。
在生态学意义上，微囊藻水华会消耗水体溶解氧，造成鱼类和其他水生生物大量死亡；同时，藻体死亡后分解产生异味物质（如土臭素和2-甲基异莰醇），导致饮用水嗅味问题。为了控制微囊藻的危害，通常采取控源截污、生态修复、物理打捞和生物调控等综合措施，其中减少氮磷输入是根本途径。近年来，气候变化加剧了微囊藻水华的频率和强度，使其成为全球水环境管理中的核心难题。
