四川音乐学院音乐学系是四川音乐学院下设二级学院，成立于1994年3月，现任系主任为甘绍成，副系主任为李兴梧，党总支副书记为蒋茂高。设有音乐学理论、音乐治疗2个本科专业，开设音乐与舞蹈学（专业代码130200）硕士研究生专业，研究方向涵盖中国音乐史、西方音乐史等5个领域，硕士研究生学制3年，本科生学制4年 。现有本科生58人、硕士生7人，下设音乐史论和民族音乐理论两个教研室。
该系前身为20世纪80年代初成立的民族音乐研究室，1986年扩建为音乐研究所。首任系主任为颜曼秋，历任负责人包括常苏民、宋大能等 。共有在职教师和行政人员10人，其中教授1人、副教授3人、讲师3人、书记1人、辅导员1人。参与建设西南少数民族乐器陈列馆（馆藏200余件传统乐器）、四川传统音乐数字平台，承办非遗传承工作坊，并与流行音乐学院等开展跨学科合作 。
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